Khalif (خليفة) var opprinnelig en tittel tatt av Abu Bakr, Muhammeds svigerfar, da han tok lederskapet av Ummah, eller det muslimske samfunnet i år 632. Kalifen regjerte over alle muslimer og ble sett på som den som hadde det høyeste embede innen islam.
Khalifatet kombinerte fire funksjoner. De ulike regjeringsrollene, som vanligvis er distinkte funksjoner i dag, var:
Politisk leder - administrerer relasjoner mellom stater og administrerer regjeringen
Militær leder - den som gir ordrer og utfører militære oppgaver
I den katolske kirke kombineres de to første (åndelig og religiøs funksjon) i pavens gjerning. Kalifenes gjerning var derfor i sin storhetstid både politisk og religiøs. Dessuten så man på khalifen som en etterfølger av viktige troende i fortiden, som Noah og Abraham.
Khalifater
De patriarkalske khalifer (632-661) er en betegnelse som blir brukt på de fire første lederne av det muslimske samfunnet - Abu Bakr, Omar, Othman og Ali. I denne perioden erobret araberne store områder, og la grunnlaget for det arabiske imperiet. Muhammeds åpenbaringer ble samlet i Koranen. Etter den tredje kalifen Uthman ibn Affans død i 656 ble det uenighet om etterfølger og muslimene ble splittet i flere flokker, de største er sunni- og sjiamuslimer.
Umayyadkhalifatet (661-750). Etter Iman Alis død flyttet kalifatet til Damaskus i dagens Syria. Khalifene i Damaskus forfulgte sjiaene som ikke aksepterte deres styre. Etter at Umayyad-klanen ble fordrevet fra Syria klarte de å ta makten i de vestlige deler av imperiet, og etablerte emiratet og etterhvert khalifatet Al-Andalucia i Córdoba som de holdt til 1031.
Abbasidkhalifatet (750-1258). Sjiaene vinner makten i 750 og flytter kalifatet østover til Bagdad. Dette var en periode med stor velstand i khalifens hoff, og avstanden mellom de styrende og folket ble større. Etterhvert mister khalifen politisk makt, og etter 946 hadde sultanen den verdslige makten. I 1258 ble den siste abbasid-kalifen drept av mongolene.
Det Ottomanske khalifatet (1453-1924) I tidens løp mistet kalifen mer og mer av sin betydning i den Islamske verden. Det Ottomanske khalifatet ble til slutt betraktet som det primære khalifatet, og ved slutten av første verdenskrig representerte det den største og mest kraftfulle uavhengige muslimske politiske enhet.
I begynnelsen av 1900-tallet krevde Ottomanske sultaner khalif-tittelen, men etter nedleggelsen av sultanatet i 1922 fortsatte khalifatet i to år under den Ottomanske prinsen Abdul Mejid II før det til slutt ble avsluttet år 1924. Etter det har det ikke vært noen khalif, og mange muslimer i dag ser ikke på det som nødvendig å ha noen, selv om mange andre gjør det. Snarere blir det i dag sett på som galt om noen skulle kreve tittelen, for de fleste muslimer vil mene at ingen ledere i dag er god nok til å være en Khalif, også de som ser det nødvendig å ha en Khalif, vil tittelen Khalif være så "stort og flott" at de som krever tittelen blir sett som narsissistiske. Likevel er det blant radikale islamister et uttalt mål å samle den islamske verden under en ny khalif.